《生信与机器学习兴趣小组》第一次分享讨论贴 发表于 2019-06-19 | 更新于 2019-07-01 | 分类于 Club 主题:转录组分析里的那些为什么1:RNA-seq与基因芯片相比有什么优势? 2:三种常规的建库策略 3:先打断再逆转录好,还是先逆转录再打断好? 4:Illumina测序仪给的碱基质量Phred Quality,它的P值是怎么算出来的? 5:为什么会经常出现序列两端质量偏低的现象? 6:测序仪给的碱基质量给出的碱基质量评估靠谱吗? 7:跑完FastQC,拿到若干项质控统计报告,我应该重点关注哪些? 8:那些转录组比对软件的原理是什么样的? 8.1:综述序列比对算法8.1.1:Brute force approach 8.1.2:Dynamic Programing(DP, 动态规划) 8.1.3:Hash based alignment algorithmn 8.1.4:Burrow and Wheeler Transform(BWT) 8.2:回到转录组序列比对问题8.2.1:Exon first approach 8.2.2:Seed-extend approach