《生信与机器学习兴趣小组》第一次分享讨论贴

主题:转录组分析里的那些为什么

1:RNA-seq与基因芯片相比有什么优势?

2:三种常规的建库策略

3:先打断再逆转录好,还是先逆转录再打断好?

4:Illumina测序仪给的碱基质量Phred Quality,它的P值是怎么算出来的?

5:为什么会经常出现序列两端质量偏低的现象?

6:测序仪给的碱基质量给出的碱基质量评估靠谱吗?

7:跑完FastQC,拿到若干项质控统计报告,我应该重点关注哪些?

8:那些转录组比对软件的原理是什么样的?

8.1:综述序列比对算法

8.1.1:Brute force approach

8.1.2:Dynamic Programing(DP, 动态规划)

8.1.3:Hash based alignment algorithmn

8.1.4:Burrow and Wheeler Transform(BWT)

8.2:回到转录组序列比对问题

8.2.1:Exon first approach

8.2.2:Seed-extend approach