PHP+MySQL实战：小鼠与人类lincRNA数据库

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Part1：lincRNA注释信息数据库

实现目标

  • 将lincRNA的gtf格式的注释信息写到MySQL数据库中
  • 用户需要登录才具有数据库访问权限
  • 提供数据库的检索功能

思路

  1. 从 UCSC genome browser 或 Ensemble 等数据库中下载人类（homo sapiens）和小鼠 （Mus musculus）的全基因组注释信息文件(GTF或者GFF3格式文件）

  2. 提取出其中的lincRNA的注释信息记录，然后将其写入MySQL数据库系统

  3. 写好PHP脚本与之前建好的MySQL数据库系统进行数据交互

准备需要写入数据库中的数据

下载注释信息文件

获取GTF文件的下载地址：

打开Ensemble数据库：http://asia.ensembl.org/index.html

以下列出了可供下载的基因组注释信息版本release-XX，目前的最新版本为release-91

得到下载链接，开始下载（下载至Linux服务器中）

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# 下载GRCh38.91（人类）注释文件
$ wget -c -P /Path/To/dir ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-91/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf.gz

# 下载GRCm38.91（小鼠）注释文件
$ wget -c -P /Path/To/dir ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-91/gtf/mus_musculus/Mus_musculus.GRCm38.91.gtf.gz

提取lincRNA部分记录

首先解压前面下载的压缩文件

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$ gunzip /Path/To/dir/Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf.gz
$ gunzip /Path/To/dir/Mus_musculus.GRCm38.91.gtf.gz

GTF格式说明

看一下我们的GTF文件的具体情况

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Chrom	Resource	Feature	 Start	 End	Score	Strand	Frame 	Attributes
1       havana  	gene    3073253 3074322 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000102693"; gene_version "1"; gene_name "4933401J01Rik"; gene_source "havana"; gene_biotype "TEC"; havana_gene "OTTMUSG00000049935"; havana_gene_version "1";
1       havana  	transcript      3073253 3074322 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000102693"; gene_version "1"; transcript_id "ENSMUST00000193812"; transcript_version "1"; gene_name "4933401J01Rik"; gene_source "havana"; gene_biotype "TEC"; havana_gene "OTTMUSG00000049935"; havana_gene_version "1"; transcript_name "4933401J01Rik-201"; transcript_source "havana"; transcript_biotype "TEC"; havana_transcript "OTTMUST00000127109"; havana_transcript_version "1"; tag "basic"; transcript_support_level "NA";
1       havana  	exon    3073253 3074322 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000102693"; gene_version "1"; transcript_id "ENSMUST00000193812"; transcript_version "1"; exon_number "1"; gene_name "4933401J01Rik"; gene_source "havana"; gene_biotype "TEC"; havana_gene "OTTMUSG00000049935"; havana_gene_version "1"; transcript_name "4933401J01Rik-201"; transcript_source "havana"; transcript_biotype "TEC"; havana_transcript "OTTMUST00000127109"; havana_transcript_version "1"; exon_id "ENSMUSE00001343744"; exon_version "1"; tag "basic"; transcript_support_level "NA";

可以看到，最后一列的gene_biotype中保存的是基因类型，例如protein_coding，lincRNA，miRNA等，所以针对这一列来提取

用Perl单行命令提取lincRNA注释记录

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$ perl -ne 'chomp;next if (/^\#/);@gtf=split /\t/;if($gtf[8] =~ /gene_biotype\s\"lincRNA\"/) {print "$_\n";}' /Path/To/dir/Mus_musculus.GRCm38.91.gtf >/Path/To/dir/lincRNA_GRCm38.91.gtf

想获取该数据库实战中的示例数据，请点 这里

提取出来的lincRNA注释记录为以下形式：

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Chrom	Resource	Feature	 Start	 End	Score	Strand	Frame 	Attributes
1       havana  	gene    29554   31109   .       +       .       gene_id "ENSG00000243485"; gene_version "5"; gene_name "MIR1302-2HG"; gene_source "havana"; gene_biotype "lincRNA";
1       havana  	transcript      29554   31097   .       +       .       gene_id "ENSG00000243485"; gene_version "5"; transcript_id "ENST00000473358"; transcript_version "1"; gene_name "MIR1302-2HG"; gene_source "havana"; gene_biotype "lincRNA"; transcript_name "MIR1302-2HG-202"; transcript_source "havana"; transcript_biotype "lincRNA"; tag "basic"; transcript_support_level "5";
1       havana  	exon    29554   30039   .       +       .       gene_id "ENSG00000243485"; gene_version "5"; transcript_id "ENST00000473358"; transcript_version "1"; exon_number "1"; gene_name "MIR1302-2HG"; gene_source "havana"; gene_biotype "lincRNA"; transcript_name "MIR1302-2HG-202"; transcript_source "havana"; transcript_biotype "lincRNA"; exon_id "ENSE00001947070"; exon_version "1"; tag "basic"; transcript_support_level "5";

接下来，将以上格式的信息格式化成以下形式：

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Chrom	Biotype	Feature	 	Start	 End	 GeneId		GeneName	TranscriptId		ExonNumber
 1	lincRNA	gene		29554	31109	ENSG00000243485	MIR1302-2HG	-			-
 1	lincRNA	transcript	29554	31097	ENSG00000243485	MIR1302-2HG	ENST00000473358		-
 1	lincRNA	exon		29554	30039	ENSG00000243485	MIR1302-2HG	ENST00000473358		1

利用Perl的正则匹配提取目标字符串进行文本格式化，想了解正则表达式，请点 这里

对于第三列Feature的不同，可以分别构造不同的正则表达式：

  • gene：

原格式：

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> gene_id "ENSG00000243485"; gene_version "5"; gene_name "MIR1302-2HG"; gene_source "havana"; gene_biotype "lincRNA";
>

正则表达式：

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> /gene_id\s\"(\w+)\";.{18,19}\sgene_name\s\"([\w-\.]+)\"/
>
  • transcript：

原格式：

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> gene_id "ENSG00000243485"; gene_version "5"; transcript_id "ENST00000473358"; transcript_version "1"; gene_name "MIR1302-2HG"; gene_source "havana"; gene_biotype "lincRNA"; transcript_name "MIR1302-2HG-202"; transcript_source "havana"; transcript_biotype "lincRNA"; tag "basic"; transcript_support_level "5";
>

正则表达式：

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> /gene_id\s\"(\w+)\";.{18,19}\stranscript_id\s\"(\w+)\";.{24,25}\sgene_name\s\"([\w-\.]+)\"/
>
  • exon：

原格式：

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> gene_id "ENSG00000243485"; gene_version "5"; transcript_id "ENST00000473358"; transcript_version "1"; exon_number "1"; gene_name "MIR1302-2HG"; gene_source "havana"; gene_biotype "lincRNA"; transcript_name "MIR1302-2HG-202"; transcript_source "havana"; transcript_biotype "lincRNA"; exon_id "ENSE00001947070"; exon_version "1"; tag "basic"; transcript_support_level "5";
>

正则表达式：

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> /gene_id\s\"(\w+)\";.{18,19}\stranscript_id\s\"(\w+)\";.{24,25}\sexon_number\s\"(\d+)\";\sgene_name\s\"([\w-\.]+)\"/
>
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# 正则匹配的正则表达式可能有点复杂，这里为了方便阅读分为多行且加上缩进，在实际命令行中请写成一行

$ perl -ne 'chomp;next if (/^\#/);@linc=split /\t/;
if($linc[2] =~ /gene/){
	if ($linc[8] =~ /gene_id\s\"(\w+)\";.{18,19}\sgene_name\s\"([\w-\.]+)\"/){
		print "$linc[0]\tlincRNA\t$linc[2]\t$linc[3]\t$linc[4]\t$1\t$2\t-\t-\n";
	}
}elsif($linc[2] =~ /transcript/){
	if($linc[8] =~ /gene_id\s\"(\w+)\";.{18,19}\stranscript_id\s\"(\w+)\";.{24,25}\sgene_name\s\"([\w-\.]+)\"/)
	{
		print "$linc[0]\tlincRNA\t$linc[2]\t$linc[3]\t$linc[4]\t$1\t$3\t$2\t-\n";
	}
}else{
	if($linc[8] =~ /gene_id\s\"(\w+)\";.{18,19}\stranscript_id\s\"(\w+)\";.{24,25}\sexon_number\s\"(\d+)\";\sgene_name\s\"([\w-\.]+)\"/)
	{
		print "$linc[0]\tlincRNA\t$linc[2]\t$linc[3]\t$linc[4]\t$1\t$4\t$2\t$3\n";
	}
}'

/Path/To/dir/lincRNA_GRCm38.91.gtf >/Path/To/dir/lincRNA_GRCm38.91.gtf.format

将数据写入数据库中

以下以将lincRNA_GRCh38.91.gtf.format的数据导入lincRNA_h表中为例

方法一：使用MySQLi

MySQLi：PHP中用于与MySQL数据库系统进行数据库交互的扩展

使用MySQLi的预处理与参数绑定方法，进行数据的批量导入

预备知识：

  • 想了解 MySQLi 连接数据库的方法，请点 这里
  • 想了解 MySQLi 的预处理方法，请点 这里
  • 想了解 PHP 的文件处理方法，请点 这里

1. 首先，创建好表格

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# 登录MySQL
$ mysql -u username -p

# 选定要操作的数据库，即打算将表格创建在哪个数据库底下，例如我们要操作的数据库为lincRNAdb
mysql> use lincRNAdb;

# 创建表格，表格名为lincRNA_h
mysql> CREATE TABLE lincRNA_h (
  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `chrom` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '染色体',
  `biotype` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '基因类型',
  `feature` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '结构单元',
  `start` int(11) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT '起始位置',
  `end` int(11) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT '终止位置',
  `geneid` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '基因ENsembleId',
  `genename` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '基因名',
  `transcriptid` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '转录本ENsembleId',
  `exon` int(11) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT '转录本exon序号',
  PRIMARY KEY (`id`) 
) ;
  • 编辑php脚本lincRNA_Ano_data_batch_import.php
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<?php
$host="localhost";

// 请设置好正确的用户名和密码，注意必须为具有数据库写权限的用户
$username="root";
$password="password";

$dbname="testdb";

// 连接数据库
$conn=new mysqli($host,$username,$password,$dbname);

// 检查连接
if($conn->connect_error){
	die("连接失败：".$conn->connect_error);
}else{
	echo "连接成功！\n";
	echo "正在批量导入数据，请耐心等待...\n";
}

// 预处理及绑定
$stmt=$conn_prepare("INSERT INTO $argv[1] (chrom,biotype,feature,start,end,geneid,genename,transcriptid,exon) VALUES (?,?,?,?,?,?,?,?,?)") ;
$stmt->bind_param("sssiisssi",$chrom,$biotype,$feature,$start,$end,$geneid,$genename,$transcriptid,$exon);

// 打开文件
$ file=fopen("$argv[2]",'r') or exit("Unable to open file!");

// 逐行读取文件，并写入数据库
while(!feof($file)){
	$data=explode("\t",fgets($file)); // 以tab为间隔标识将字符串打散
	
	// 设置参数
	$chrom=$data[0];
	$biotype=$data[1];
	$feature=$data[2];
	$start=$data[3];
	$end=$data[4];
	$geneid=$data[5];
	$genename=$data[6];
	$transcriptid=$data[7];
	$exon=$data[8];
	// 执行
	$stmt->execute();
}

echo "新记录插入成功";

fcolse($file);
$stmt->close();
$conn->close();
?>
  • 执行php脚本，完成数据的批量导入
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$ php -f lincRNA_Ano_data_batch_import.php <tablename> <data-to-import>

想了解如何在 Linux 命令行中使用和执行 PHP 代码，请点 这里

方法二：使用sql脚本

准备sql脚本

要往MySQL数据库中写入数据，需要用INSERT INTO 语句

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INSERT INTO table_name (column1,column2,column3,...)
VALUES (value1,value2,value3,...);

一般情况下我们往数据库中写入少数几条数据时，直接在MySQL的交互环境中执行INSERT INTO 语句即可，但是当要批量导入时，再采用在MySQL的交互环境中执行INSERT INTO 语句，明显是低效而不现实的，这个时候我们可以写一个sql脚本，来执行数据库的批量操作。

简单来说sql脚本就是把多个INSERT INTO 语句写到一个文件里

sql脚本的文件起始部分（为人类和小鼠的数据分别准备一个sql文件，创建的对应表名分别为 lincRNA_h 和 lincRNA_m ，以下以人类的为例）：

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SET NAMES utf8;
SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;

-- ----------------------------
--  Table structure for `lincRNA_h`
-- ----------------------------

DROP TABLE IF EXISTS `lincRNA_h`;

CREATE TABLE lincRNA_h (
  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `chrom` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '染色体',
  `biotype` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '基因类型',
  `feature` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '结构单元',
  `start` int(11) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT '起始位置',
  `end` int(11) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT '终止位置',
  `geneid` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '基因ENsembleId',
  `genename` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '基因名',
  `transcriptid` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '转录本ENsembleId',
  `exon` int(11) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT '转录本exon序号',
  PRIMARY KEY (`id`) 
) ENGINE=InnoDB AUTO_INCREMENT=6 DEFAULT CHARSET=utf8;

-- ----------------------------
--  Records of `lincRNA_h`
-- ----------------------------

然后，用perl单行命令实现以下转换：

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1	lincRNA	gene	29554	31109	ENSG00000243485	MIR1302-2HG	-	-

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INSERT INTO lincRNA_h （chrom,biotype,feature,start,end,geneid,genename,transcriptid,exon) VALUES ("1","lincRNA","gene","29554","31109","ENSG00000243485","MIR1302-2HG","-","-");

并将转换后的结果追加到上一步已经写好起始部分的sql脚本的后面

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$ perl -ane 'chomp;print "INSERT INTO lincRNA_h (chrom,biotype,feature,start,end,geneid,genename,transcriptid,exon) VALUES (\"$F[0]\",\"$F[1]\",\"$F[2]\",\"$F[3]\",\"$F[4]\",\"$F[5]\",\"$F[6]\",\"$F[7]\",\"$F[8]\");\n"' /Path/To/lincRNA_GRCh38.91.gtf.format >>/Path/To/lincRNA_h.sql

写入数据

登录，进入MySQL的交互环境，才能进行以下操作

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# 输入密码，登录MySQL
$ mysql -u username -p

# 查看已有的数据库
mysql> show databases;

# 选择要进行操作的数据库，比如我们要操作的数据库为lincRNAdb
## 注意：请确认你具有该数据库的写入权限，否则无法写入
mysql> use lincRNAdb;

# 执行sql脚本，向数据库中批量导入数据
mysql> source /Path/To/lincRNA_h.sql;

# 查看当前使用的数据库中已有表格，确保数据已成功导入：是否有lincRNA_h表格？
mysql> show tables;

# 查看表格中的数据是否正确，为了避免将表中的数据全部打印出来，请使用where子句，只打印出前100条记录
mysql> select * from lincRNA_h where id<100;

编辑php脚本

注册

创建注册页面

表单部分的代码（想了解表单的相关知识，请点 这里）：

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<form action="registeraction.php" method="post">
<table border="0">
<tr>
	<td>用户名：</td>
	<td><input type="text" id="id_name" name="username" required="required"></td>
</tr>
<tr>
	<td>密&nbsp;&nbsp;&nbsp;码：</td>
	<td><input type="password" id="password" name="password" required="required"></td>
</tr>
<tr>
	<td>重复密码：</td>
	<td><input type="password" id="re_password" name="re_password" required="required"></td>
</tr>
<tr>
	<td>性别：</td>
	<td>
		<input type="radio" id="sex" name="sex" value="男">男
		<input type="radio" id="sex" name="sex" value="女">女
	</td>
</tr>
<tr>
	<td>QQ：</td>
	<td><input type="text" id="qq" name="qq" required="required"></td>
</tr>
<tr>
	<td>Email：</td>
	<td><input type="email" id="email" name="email" required="required"></td>
</tr>
<tr>
	<td>电话：</td>
	<td><input type="text" id="phone" name="phone" required="required"></td>
</tr>
<tr>
	<td>地址：</td>
	<td><input type="text" id="address" name="address" required="required"></td>
</tr>
<tr>
	<td colspan="2" align="center" style="color:red;font-size:10px;">
<!--提示信息-->
<?php
$err=isset($_GET["err"])?$_GET["err"]:"";
switch($err) {
	case 1:
		echo "用户名已存在！";
 		break;
	case 2:
		echo "密码与重复密码不一致！";
		break;
	case 3:
		echo "注册成功！";
		break;
}
?>
</td>
</tr>
<tr>
	<td colspan="2" align="center">
		<input type="submit" id="register" name="register" value="注册">
		<input type="reset" id="reset" name="reset" value="重置">
	</td>
</tr>
<tr>
	<td colspan="2" align="center">如果已有账号，快去<a href="login.php">登录</a>吧！</td>
</tr>
</table>
</form>

表单信息提交的对象为同一目录下的registeraction.php脚本

注册信息处理脚本

registeraction.php脚本

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<?php
// 声明变量

$username = isset($_POST['username'])?$_POST['username']:"";
$password = isset($_POST['password'])?$_POST['password']:"";
$re_password = isset($_POST['re_password'])?$_POST['re_password']:"";
$sex = isset($_POST['sex'])?$_POST['sex']:"";
$qq = isset($_POST['qq'])?$_POST['qq']:"";
$email = isset($_POST['email'])?$_POST['email']:"";
$phone = isset($_POST['phone'])?$_POST['phone']:"";
$address = isset($_POST['address'])?$_POST['address']:"";

if($password == $re_password) {
	// 建立连接，需要以root的身份登录MySQL，因为只有root用户才具有数据库的写权限
	// 使用面向对象的MySQLi方法
	$conn = new mysqli('localhost','root','','php'); // 第三项需填入root用户的密码，若设置为免密登录，则可以为空
	// 准备SQL语句,查询用户名
	$sql_select="SELECT username FROM User WHERE username = '$username'";
	// 执行SQL语句
	$result = $conn->query($sql_select);
	$row = $result->fetch_array();
	// 判断用户名是否已存在
	if($username == $row['username']) {
		//用户名已存在，显示提示信息
		header("Location:register.php?err=1");
	} else {

		//用户名不存在，插入数据
		//准备SQL语句
		$sql_insert = "INSERT INTO User(username,password,sex,qq,email,phone,address) VALUES('$username','$password','$sex','$qq','$email','$phone','$address')";
		//执行SQL语句
		$conn->query($sql_insert);
		header("Location:register.php?err=3");
	}

	//关闭数据库
	$conn->close($conn);
} else {
	header("Location:register.php?err=2");
}

?>

登录

登录页面

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<form id="loginform" action="loginaction.php" method="post">
<table border="0">
<tr>
	<td>用户名：</td>
	<td><input type="text" id="name" name="username" required="required" value="<?php echo isset($_COOKIE["wang"])?$_COOKIE["wang"]:"";?>"></td>
</tr>
<tr>
	<td>密&nbsp;&nbsp;&nbsp;码：</td>
	<td><input type="password" id="password" name="password"></td>
</tr>
<tr>
	<td colspan="2"><input type="checkbox" name="remember" value="on"><small>记住我</td>
</tr>
<tr>
	<td colspan="2" align="center" style="color:red;font-size:10px;">
<!--提示信息-->
<?php
$err=isset($_GET["err"])?$_GET["err"]:"";
switch($err) {
case 1:
	echo "用户名或密码错误！";
	break;
case 2:
	echo "用户名或密码不能为空！";
	break;
}
?>
	</td>
</tr>
<tr>
	<td colspan="2" align="center">
		<input type="submit" id="login" name="login" value="登录">
		<input type="reset" id="reset" name="reset" value="重置">
	</td>
</tr>
<tr>
	<td colspan="2" align="center">还没有账号，快去<a href="register.php">注册</a>吧！</td>
</tr>
</table>
</form>

登录脚本

方法一：

该方法为，用root用户权限从User表中提取相应的用户名和密码信息，与用户填写的用户名和密码进行比较，来判断用户用户是否拥有数据库的访问权限

该方法需要拥有root用户的账户密码，若没有，请使用第二种方法

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<?php
// 声明变量
$username = isset($_POST['username'])?$_POST['username']:"";
$password = isset($_POST['password'])?$_POST['password']:"";
$remember = isset($_POST['remember'])?$_POST['remember']:"";

// 判断用户名和密码是否为空
if(!empty($username)&&!empty($password)) {
	// 建立连接
	// 使用面向对象的方法
	$conn = new mysqli('localhost','root','','php');
	// 准备SQL语句
	$sql_select = "SELECT user,password FROM User WHERE user = '$username' AND password = '$password'";
	//执行SQL语句
	$result = $conn->query($sql_select);

	$row = $result->fetch_assoc();

	//判断用户名或密码是否正确
	if($username==$row['username']&&$password==$row['password']) {
		//选中“记住我”
		if($remember=="on") {
			//创建cookie
			setcookie("wang", $username, time()+7*24*3600);
		}
		//开启session
		session_start();
		//创建session
		$_SESSION['user']=$username;
		$_SESSION['password']=$password;
		//写入日志
		$ip = $_SERVER['REMOTE_ADDR'];
		$date = date('Y-m-d H:m:s');

		$info = sprintf("当前访问用户：%s,IP地址：%s,时间：%s \n",$username, $ip, $date);
		$sql_logs = "INSERT INTO Logs(username,ip,date) VALUES('$username','$ip','$date')";

		//日志写入文件，如实现此功能，需要创建文件目录logs
		$f = fopen('./logs/'.date('Ymd').'.log','a+');

		fwrite($f,$info);
		fclose($f);

		//跳转到loginsucc.php页面
		header("Location:loginsucc.php");
		//关闭数据库
		$conn->close();
	}else {
		//用户名或密码错误，赋值err为1
		header("Location:login.php?err=1");
	}
}else {
	//用户名或密码为空，赋值err为2
	header("Location:login.php?err=2");
}

?>

方法二：

该方法通过使用用户填写的用户名和密码直接尝试登陆MySQL，通过登录结果来判断用户是否拥有数据库的使用权限

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<?php
// 声明变量
$username = isset($_POST['username'])?$_POST['username']:"";
$password = isset($_POST['password'])?$_POST['password']:"";
$remember = isset($_POST['remember'])?$_POST['remember']:"";

// 判断用户名和密码是否为空
if(!empty($username)&&!empty($password)) {
	// 建立连接
	// 使用面向对象的方法，使用用户填写的用户名和密码直接尝试登陆MySQL
	$conn = new mysqli('localhost',$username,$password,'testdb');
	
	if ($conn->connect_error) {
		// 连接失败，用户名或密码错误，赋值err为1
		header("Location:login.php?err=1");
	}else{
		//选中“记住我”
		if($remember=="on") {
			//创建cookie
			setcookie("wang", $username, time()+7*24*3600);
		}
		//开启session
		session_start();
		//创建session
		$_SESSION['user']=$username;
		$_SESSION['password']=$password;

		//跳转到loginsucc.php页面
		header("Location:loginsucc.php");
		//关闭数据库
		$conn->close();
	}
}else {
	//用户名或密码为空，赋值err为2
	header("Location:login.php?err=2");
}
?>

登录成功

通过判断全局变量$_SESSION['user']是否定义来判断是否成功登录

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<?php
//开启session
session_start();
//声明变量
$username= isset($_SESSION['user'])?$_SESSION['user']:"";
//判断session是否为空
if(!empty($username)){
?>
	<h1>登录成功！</h1>
	欢迎您！
<?php
	echo $username;
?>
	// 继续检索数据库
	<br/>
	<a href="databaseQuery_Ano.php">检索数据库</a>
	<br/>
	<a href="logout.php">退出</a>
<?php
}else {
	//未登录，无权访问
	?>
	<h1>你无权访问！！！</h1>
<?php
}
?>

退出登录

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<?php
//开启session
session_start();
//撤销session
session_unset();
session_destroy();
//跳转到login.php
header("Location:login.php");
?>

检索数据库

检索数据库，需要用到数据库用户的用户名和密码，用于在之前的登录过程中，我们已经将用户名和密码存储在 $_SESSION 中，所以可以通过 $_SESSION['user'] 和 $_SESSION['password'] 获得

这里将表单部分与PHP命令写在一个PHP脚本中，脚本命名为databaseQuery_Ano.php

表单部分

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<form action="#" method="post">
<table>
<tr>
	<td align="left">物&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp种：</td>
	<td colspan="2" align="left">
		<select name="specie">
			<option value="">选择一个物种:</option>
			<option value="human">Homo Sapiens</option>
			<option value="mouse">Mus musculus</option>
		</select>
	</td>
</tr>
<tr>
	<td align="left">基因名/基因ID:</td>
	<td colspan="2" align="left"><input type="text" name="geneName" value="MIR1302-2HG"></td>
</tr>
<tr>
	<td align="left">基&nbsp;&nbsp;&nbsp因&nbsp;&nbsp;&nbsp位&nbsp;&nbsp;&nbsp置：</td>
	<td colspan="2" align="left">
		<select name="chrom">
			<option value="">选择一条染色体：</option>
			<option value="1">chr1</option>
			<option value="2">chr2</option>
			<option value="3">chr3</option>
			<option value="4">chr4</option>
			<option value="5">chr5</option>
			<option value="6">chr6</option>
			<option value="7">chr7</option>
			<option value="8">chr8</option>
			<option value="9">chr9</option>
			<option value="10">chr10</option>
			<option value="11">chr11</option>
			<option value="12">chr12</option>
			<option value="13">chr13</option>
			<option value="14">chr14</option>
			<option value="15">chr15</option>
			<option value="16">chr16</option>
			<option value="17">chr17</option>
			<option value="18">chr18</option>
			<option value="19">chr19</option>
			<option value="20">chr20</option>
			<option value="21">chr21</option>
			<option value="22">chr22</option>
			<option value="X">chrX</option>
			<option value="Y">chrY</option>
		</select>	
	</td>
	<td>
		区间：<input type="text" name="start"> - <input type="text" name="end">
	</td>
</tr>
<tr>
	<td colspan="2" align="center" style="color:red;font-size:10px;">
<!--提示信息-->
<?php
$err=isset($_GET["err"])?$_GET["err"]:"";
switch($err) {
case 1:
	echo "表单填写错误:物种必须选，基因名和基因位置两项至少选一项填写！";
	break;
case 2:
	echo "表单填写错误：区间起始和终止位置需为整数，且起始位置小于终止位置！";
	break;
case 3:
	echo "未登陆，无权访问！<br>";
	echo "快去<a href='login.php'>登录</a>吧";
	break;
case 4:
	echo "Update或Delete操作异常！未在数据库中找到对应记录！";
	break;
}
?>
	</td>
</tr>
<tr>
	<td align="center"><input type="submit" name="submit" value="Submit"></td>
	<td align="center"><input type="reset" value="Reset"></td>
</tr>
</table>
</form>

PHP脚本

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<?php
//开启session
session_start();
// 获取用户名和密码
$username=isset($_SESSION['user'])?$_SESSION['user']:"";
$password=isset($_SESSION['password'])?$_SESSION['password']:"";

// 获取表单提交数据
$specie=isset($_POST['specie'])?$_POST['specie']:"";
$geneName=isset($_POST['geneName'])?$_POST['geneName']:"";
$chrom=isset($_POST['chrom'])?$_POST['chrom']:"";
$start=isset($_POST['start'])?$_POST['start']:"";
$end=isset($_POST['end'])?$_POST['end']:"";
$submit=isset($_POST['submit'])?$_POST['submit']:"";

if($submit){
	// 判断提交的检索信息是否满足要求：物种必须选，基因名和基因位置两项至少选一项填写
	if(empty($specie)||(empty($geneName)&&empty($chrom))){
		header("Location:databaseQuery.php?err=1");

	// 判断用户名和密码是否已经设置
	}elseif(!empty($username)&&!empty($password)){
		// 连接数据库
		$conn=new mysqli('localhost',$username,$password,'testdb');
		if($conn->connect_error){
			header("Location:databaseQuery_Ano.php?err=3");
		}
		// 设置要检索的数据库表格名
		$table="";
		if($specie=="human"){
			$table="lincRNA_h";
		}else{
			$table="lincRNA_m";
		}
		
		
		// 创建SQL查询语句
		$sql="SELECT * from $table where";
		// 根据实际表单填写情况追加查询条件
		$bool_and=false;
		if(!empty($geneName)){
			$sql .= " genename='$geneName' or geneid='$geneName'";
			$bool_and=true;
		}
		if(!empty($chrom)){
			if($bool_and){
				$sql .= " and";
			}
			$sql .= " chrom='$chrom'";
			if(!empty($start)&&!empty($end)){
				// 判断提交的起始点与终止点是否正确，即是否为整数，且起始点小于终止点
				if(is_int(intval($start))&&is_int(intval($end))&&intval($start)<intval($end)){
					$sql .= " and start>=$start and end<=$end";
				}else{
					header("Location:databaseQuery_Ano.php?err=2");
				}
			}				
		}
		$sql .= ";";
	
		// 执行查询语句
		$result=$conn->query($sql);
	
		
	
		if($result->num_rows > 0){
			// 输出查询结果
			echo "<table ><tr><th>chrom</th><th>Biotype</th><th>Feature</th><th>Start</th><th>End</th><th>GeneId</th><th>GeneName</th><th>TranscriptId</th><th>ExonNumber</th><th>操作</th></tr>";
			
			while($row = $result->fetch_array()){
				echo "<tr><td>".$row['chrom']."</td><td>".$row['biotype']."</td><td>".$row['feature']."</td><td>".$row['start']."</td><td>".$row['end']."</td><td>".$row['geneid']."</td><td>".$row['genename']."</td><td>".$row['transcriptid']."</td><td>".$row['exon']."</td><td><a style=\"padding:2px;\" href=\"update_form.php?id=".$row['id']."&dbname=".$table."\">Update</a></tr>";
    		}
		}else{
    		echo "未检索到满足条件的记录!";
    	}
	}else{
		// 跳转到当前页面，并为err赋值1
		header("Location:databaseQuery_Ano.php?err=3");
	}
}
?>

Part2：内容与功能升级

实现目标

  • 增加 blast 功能：将用户提交的序列与 lncRNA 的序列库进行 blast 比对
  • 创建 lncRNA 表达数据库，除了 part1 中提供的基础检索功能外，还要提供绘图功能
  • 增加数据库的删除、追加（单条记录追加和批量追加）与编辑功能

思路

1. 增加 blast 功能

目标序列的指定方式：

  • 用户在输入框中输入
  • 用户提交目标序列的 fasta 文件

创建lncRNA的 blast 序列库（即lncRNA的 blast 索引)：

  • 根据 part1 《准备需要写入数据库中的数据》 中得到的文件lincRNA_GRCm38.91.gtf.format和lincRNA_GRCh38.91.gtf.format，从中提取unique的lincRNA的Ensembl gene id
  • 利用lincRNA的Ensembl gene id，从Ensembl的BioMart中下载lincRNA对应的序列
  • 对这些序列建立blast索引

2. 创建 lncRNA 表达数据库

从公共数据库（如GEO）中直接下载RNA-seq表达谱文件，或者下载原始fastq文件，自己跑RNA-seq分析流程来获取表达谱，然后提取其中的lincRNA部分，进行差异表达分析后将差异表达结果写进MySQL数据库中，同时保留表达谱文件，以供后期绘图时访问

  • 表达数据来源：从GEO数据库中下载某个RNA-seq实验的表达谱文件

  • 差异表达分析：使用DESeq2进行差异表达分析，DESeq2使用方法请点 这里

  • 将差异表达结果写进MySQL数据库中：过程与 part1 《将数据写入数据库中——方法一：使用MySQLi》一样

  • 绘图：即在检索获得差异表达结果列表后，每条记录后提供一个绘图按钮，用户点击后即可绘制出该基因在不同samples的表达柱状图，可通过调用R脚本实现

3. 增加数据库的删除、追加与编辑功能

这部分应该是整个part2中最容易实现的部分

  • 删除 —— 注意：在真正删除之前，请要求用户进行再次确认

    • 删除一条记录：用SQL的DELETE语句
    • 删除多条记录：在每条记录前有一个复选框，选中多条记录前的复选框，然后点击页面某个角落的“Delete”按钮，提交删除操作请求

  • 追加

    • 追加一条记录
    • 批量追加：可以让用户提交文件来实现批量追加，不过真正进行追加操作之前，务必进行文件格式的检查

  • 编辑 —— 用UPDATE语句

添加blast功能

获得chrX上lincRNA序列

  • 利用Gene stable ID批量下载序列

第一次写作业时，在mysql数据库中添加了lncRNA的位置信息、ID等。这次从之前建立数据得到的lincRNA_GRCh38.91.gtf.format和lincRNA_GRCm38.91.gtf.format文件中提取Gene stable ID，批量下载FASTA格式的序列信息。

  • 得到lnRNA的ID

先以lincRNA_GRCh38.91.gtf.format（人类）为例

1. 通过less lincRNA_GRCh38.91.gtf.format查看文件

实例如下，第6列的就是基因ID（ENSG00000243485开始）

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1       lincRNA gene    29554   31109   ENSG00000243485 MIR1302-2HG     -       -
1       lincRNA transcript      29554   31097   ENSG00000243485 MIR1302-2HG     ENST00000473358 -
1       lincRNA exon    29554   30039   ENSG00000243485 MIR1302-2HG     ENST00000473358 1
1       lincRNA exon    30564   30667   ENSG00000243485 MIR1302-2HG     ENST00000473358 2
1       lincRNA exon    30976   31097   ENSG00000243485 MIR1302-2HG     ENST00000473358 3
1       lincRNA transcript      30267   31109   ENSG00000243485 MIR1302-2HG     ENST00000469289 -
1       lincRNA exon    30267   30667   ENSG00000243485 MIR1302-2HG     ENST00000469289 1
1       lincRNA exon    30976   31109   ENSG00000243485 MIR1302-2HG     ENST00000469289 2
1       lincRNA gene    34554   36081   ENSG00000237613 FAM138A -       -
1       lincRNA transcript      34554   36081   ENSG00000237613 FAM138A ENST00000417324 -
1       lincRNA exon    35721   36081   ENSG00000237613 FAM138A ENST00000417324 1
1       lincRNA exon    35277   35481   ENSG00000237613 FAM138A ENST00000417324 2
1       lincRNA exon    34554   35174   ENSG00000237613 FAM138A ENST00000417324 3
1       lincRNA transcript      35245   36073   ENSG00000237613 FAM138A ENST00000461467 -
1       lincRNA exon    35721   36073   ENSG00000237613 FAM138A ENST00000461467 1
1       lincRNA exon    35245   35481   ENSG00000237613 FAM138A ENST00000461467 2
1       lincRNA gene    89295   133723  ENSG00000238009 AL627309.1      -       -
1       lincRNA transcript      89295   120932  ENSG00000238009 AL627309.1      ENST00000466430 -
1       lincRNA exon    120775  120932  ENSG00000238009 AL627309.1      ENST00000466430 1
1       lincRNA exon    112700  112804  ENSG00000238009 AL627309.1      ENST00000466430 2
1       lincRNA exon    92091   92240   ENSG00000238009 AL627309.1      ENST00000466430 3
1       lincRNA exon    89295   91629   ENSG00000238009 AL627309.1      ENST00000466430 4

2. 用cut -f 6 lincRNA_GRCh38.91.gtf.format|sort|uniq > lincRNA_GRCh38.91.geneid.txt命令截取第6列ID信息，并输出到out文件中

3. 打开ensembl的biomart，按照图片调整参数，最后上传ID信息文件即可。

（由于全基因组数据太大，所以我在REGION中只选择了x染色体）

4. 点击results,跳转页面点GO生成FASTA序列。

5. 小鼠数据如法炮制，只是在第一张照片处把Human参数改成Mouse。

构建BLAST索引

  • 删除课堂教学用的数据

每人配额只有2G，所以清空一下磁盘，方便做作业

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#查看文件大小
du -h
#删除文件夹
rm -rf filename
-r ：循环删掉文件夹中的文件
-f ：删除文件时不提示
  • 构建BLAST索引

在biomart下载完FASTA格式序列后，会得到mart_export.txt文件，修改文件名为lincRNA_chrX.fa将其导入服务器。

调用BLAST命令构建索引

1
makeblastdb -in /Path/To/lincRNA_chrX.fa -input_type fasta -dbtype nucl -title lncRNA_h -parse_seqids -out /Path/To/lncRNA_h -logfile File_h

参数介绍

  • -in:FASTA文件位置
  • -input_type:输入格式
  • -dbtype:数据库格式
  • -title:索引名称
  • -parse_seqids:不知道啥意思
  • -out:输出文件名（title感觉没啥用，最后blast调用索引都是调用输出文件）
  • -logfile:软件日志

命令完成，打开软件日志File_h查看：

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Building a new DB, current time: 05/26/2018 15:17:13
New DB name:   /home/201728016715029/blastdb/lncRNA_h
New DB title:  lncRNA_h
Sequence type: Nucleotide
Keep MBits: T
Maximum file size: 1000000000B
Adding sequences from FASTA; added 246 sequences in 0.00809789 seconds.

成功！

执行BLAST

  • 提交BLAST检索申请，脚本保存为blastQuery.php
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<form action="localblast.php" method="post" enctype="multipart/form-data">
<p>输入你的序列</p>
<textarea style="width:500px;height:200px;" name="seq">>ENSG00000226530|ENST00000418775
CACGCTCCTCCAGGGCGCAGAGAGCATCAAAGCATTATCACCGACCCAACACACACCGGC
GCTGCGTAGTTTCTGCAGCAGGTGTGGGGTGAAGAGTTGCCACACAGCTGTCTGACACCG
GGTGTACGGCGTCACCCCTCACTTCCTGGACAAGGCAACATTTTCCTAAAGGTCAAAGGA
GAAAAATCCTATCATCTGAGGTGCTGAACAAAGAATTCAATAAATTCAATCAATCTGATG
CACTCTGCAGTCGTTCTAAGTTCTTGTCTACTAAAATCCTCGACTACTACACATCCACAA
TCGCTTCTGTGAAACTCTTGGGACCAAATGGTTCAGAATTTGTCTCCCATACATACATAA
TATCTATGTCAAGGCCTGTAGTAATACTGTGGAATCTAATACAATGATATTTCTGTAGTG
AAACATACAAATGTTCACTCCAAGATCTAAAGATTACAAATAGCATCATGTCAGTTCAAA
TCAGGTTTTATGGATAAATGAGTCAGGAAAAGTATGTTTTTCAAAGCATTTTGAATGTTA
GACTTGTGCACAAGGGATTGTGAGTCTGAATCATATTTCCGTCAAC</textarea>
<table>
<tr>
	<td>提交你的序列文件</td>
</tr>
<tr>
	<td>
		<label for="file">文件名：</label>
		<input type="file" style="width:800px;" name="file" id="file">
	</td>
</tr>
<tr>
	<td><input type="submit" value="Submit"><input type="submit" value="Submit"></td>
</tr>
<!-- 提示信息 -->
<tr>
	<td style="color:red;font-size:10px;">
<?php
$err=isset($_GET["err"])?$_GET["err"]:"";
switch($err) {
	case 1:
		echo "请在输入序列或提交序列文件！";
		break;
	case 2:
		echo "无法提交输入序列！";
		break;
	case 3:
		echo "未登陆，无权操作！请<a href=\"login.php\">登陆</a>";
		break;
}
?>
	</td>
</tr>
</table>
</form>
  • 执行BLAST操作，保存为localhost.php
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<?php
//开启session
session_start();
// 获取用户名和密码
$username=isset($_SESSION['user'])?$_SESSION['user']:"";
$password=isset($_SESSION['password'])?$_SESSION['password']:"";

// 通过POST方法获取表单提交信息
$seq=isset($_POST['seq'])?$_POST['seq']:"";

// 若既未输入序列也未提交序列文件，则返回BLAST申请界面，并显示错误信息
if ($_FILES["file"]["error"] > 0 && empty($seq)){
	header("Location:blastQuery.php?err=1");
}

// 若输入了序列，则将序列写入upload文件夹下的文本中
$seqfile="upload/query.fa";
if(!empty($seq)){
	if(!($file=fopen($seqfile, "w"))){
        header("Location:blastQuery.php?err=2");
	}
	fwrite($file,$seq);
	fclose($file);
}

if(!empty($username)&&!empty($password)){
	// 连接数据库
	$conn=new mysqli('localhost',$username,$password,'testdb');
	if($conn->connect_error){
		header("Location:blastQuery.php?err=3");
	}
	
	// 执行BLAST，优先用输入序列进行BLAST
	if(!empty($seq)){
		system('/home/Ben/software/blast/ncbi-blast-2.6.0+/bin/blastn -query upload/query.fa -db blastdb/lncRNA_h -html -evalue 1  -num_descriptions 10 -num_alignments 10 -out blast.out');
	}else{
		system('/home/Ben/software/blast/ncbi-blast-2.6.0+/bin/blastn -query upload/'.$_FILES["file"]["name"].'  -db blastdb/lncRNA_h -html -evalue 1  -num_descriptions 10 -num_alignments 10 -out blast.out');
	}
	
	// 打印BLAST结果
	$file_out=fopen("blast.out","r") or exit("Unable to open file!");
	while(!feof($file_out)){
		echo fgets($file_out);
	}
}else{
	header("Location:blastQuery.php?err=3");
}
?>

添加lincRNA表达谱

获取在两个样本组的表达谱

数据集简单介绍与下载

该笔记中使用的数据集为 Nature Protocols 文章中用到的数据集

sample id Sex population
ERR188245 Female GBR
ERR188428 Female GBR
ERR188337 Female GBR
ERR188401 Male GBR
ERR188257 Male GBR
ERR188383 Male GBR
ERR204916 Female YRI
ERR188234 Female YRI
ERR188273 Female YRI
ERR188454 Male YRI
ERR188104 Male YRI
ERR188044 Male YRI

文章作者已经将数据集打包好了，下载链接：ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/RNAseq_protocol/chrX_data.tar.gz

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# 下载
$ nohup wget -c ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/RNAseq_protocol/chrX_data.tar.gz >download.log 2>&1 &

# 解压
$ tar zxvf chrX_data.tar.gz

解压后可以看到数据集的组成

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|---chrX_data
	|---genes
		|---chrX.gtf
	|---genome
		|---chrX.fa
	|---indexes
		|---chrX_tran.[1-7].ht2
	|---samples
		|---ERR*_chrX_[12].fastq.gz

跑RNA-seq分析流程

RNA-seq分析流程，请参考 这里

一般第一步是创建hisat2索引，由于数据集中已经提供了（在chrX_data/indexes文件夹下），所以跳过这一步

  • hisat2比对

在比对前，先准备好一个保存样本Id的文本samplelist.txt：

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ERR188245
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ERR188401
ERR188257
ERR188383
ERR204916
ERR188234
ERR188273
ERR188454
ERR188104
ERR188044

开始执行批量比对

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$ mkdir map

$ nohup cat samplelist.txt | while read i;
do
	hisat2 -p 10 --dta -x indexes/chrX_tran -1 samples/${i}_chrX_1.fastq.gz -2 samples/${i}_chrX_2.fastq.gz | \
	samtools sort -@ 8 -O bam -o map/${i}_chrX.sort.bam 1>map/${i}_map.log 2>&1
done &
  • stringtie转录本拼接
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$ mkdir asm

# 拼接
$ cat cat samplelist.txt | while read i;
do
	stringtie -p 16 -G genes/chrX.gtf -o asm/${i}_chrX.gtf -l $i map/${i}_chrX.sort.bam 1>asm/${i}_strg_assm.log 2>&1
done

# 准备mergelist.txt文件
$ awk '{print "asm/"$0"_chrX.gtf"}' samplelist.txt >mergelist.txt

# merge多样本的转录本拼接结果
$ stringtie --merge -p 16 -G genes/chrX.gtf -o asm/merge.gtf mergelist.txt 1>asm/strg_merge.log 2>&1
  • stringtie定量

以read count进行定量，作为DESeq2或edgeR的输入

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$ mkdir quant

# 转录本定量
$ cat samplelist.txt | while read i;
do
	stringtie -e -p 16 -G asm/merge.gtf -o quant/${i}_chrX_quant.gtf map/${i}_chrX.sort.bam 1>quant/${i}_chrX_quant.log 2>&1
done

# 整合多样本的转录本定量结果
## 先准备sample_lst.txt文件，格式如下：
		ERR188021 <PATH_TO_ERR188021.gtf>
		ERR188023 <PATH_TO_ERR188023.gtf>
		...
$ perl -ne 'chomp;print "$_\tquant/${_}_chrX_quant.gtf\n"' samplelist.txt >samplelist.quant.txt

## 执行定量结果整合
$ python2 /Path/To/prepDE.py -i sample_lst.txt

最后会在工作目录下产生两个read count定量文件：

  • gene定量：gene_count_matrix.csv
  • transcript定量：transcript_count_matrix.csv

想下载这两个文件，请点 这里

  • 差异表达分析：DESeq2

DESeq2要求输入的表达矩阵是read counts

构建 DESeqDataSet 对象

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# 构建表达矩阵
count_table<-read.csv("gene_count_matrix.csv",row.names="gene_id")
count_matrix<-as.matrix(count_table)
# 构建分组矩阵
phenodata<-read.csv("geuvadis_phenodata.csv",row.names="ids")
# 构建 DESeqDataSet 对象
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = count_matrix,
	colData = phenodata,
	design = ~ population)

差异表达分析

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dds <- DESeq(dds)
res <- results(dds)
resOrdered <- res[order(res$padj),]
diffResult <- as.data.frame(resOrdered)
write.table(diffResult,"gene_diffResult.txt",sep="\t",quote=F)

这一步最终得到差异表达分析结果文件gene_diffResult.txt，想下载这两个文件，请点 这里

将差异表达结果写进MySQL

过程与 part1 方法一：使用MySQLi 相同

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# 创建表格DiffExp_result

mysql> CREATE TABLE DiffExp_result (
  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `RefSeq` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'RefSeq id',
  `baseMean` DOUBLE(40,20) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'the base mean over all rows',
  `log2FoldChange` DOUBLE(40,20) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'log2 fold change (MAP): treatment OHT vs Control',
  `lfcSE` DOUBLE(40,20) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'standard error: treatment OHT vs Control',
  `stat` DOUBLE(40,20) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'Wald statistic: treatment OHT vs Control',
  `pvalue` FLOAT(20) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'Wald test p-value: treatment OHT vs Control',
  `padj` FLOAT(20) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT 'BH adjusted p-values',
  PRIMARY KEY (`id`) 
) ;
数据类型 描述
TINYINT(size) -128 到 127 常规。0 到 255 无符号*。在括号中规定最大位数。
SMALLINT(size) -32768 到 32767 常规。0 到 65535 无符号*。在括号中规定最大位数。
MEDIUMINT(size) -8388608 到 8388607 普通。0 to 16777215 无符号*。在括号中规定最大位数。
INT(size) -2147483648 到 2147483647 常规。0 到 4294967295 无符号*。在括号中规定最大位数。
BIGINT(size) -9223372036854775808 到 9223372036854775807 常规。0 到 18446744073709551615 无符号*。在括号中规定最大位数。
FLOAT(size,d) 带有浮动小数点的小数字。在括号中规定最大位数。在 d 参数中规定小数点右侧的最大位数。
DOUBLE(size,d) 带有浮动小数点的大数字。在括号中规定最大位数。在 d 参数中规定小数点右侧的最大位数。
DECIMAL(size,d) 作为字符串存储的 DOUBLE 类型，允许固定的小数点。

基于 part1 中的php脚本data_batch_import.php稍作修改即可复用

需要改动的位置如下图：

直接手动修改PHP脚本，保存为lincRNA_DiffExp_data_batch_import.php

以下只给出修改部分的代码

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// 预处理及绑定
$stmt=$conn->prepare("INSERT INTO DiffExp_result (RefSeq,baseMean,log2FoldChange,lfcSE,stat,pvalue,padj) VALUES (?,?,?,?,?,?,?)");
$stmt->bind_param("sdddddd",$RefSeq,$baseMean,$log2FoldChange,$lfcSE,$stat,$pvalue,$padj);

// 打开文件，通过$argv[1]进行脚本传参
$file=fopen("$argv[1]",'r') or exit("Unable to open file!");

// 逐行读取文件，并写入数据库
fgets($file);	// 跳过第一行表头
while(!feof($file)){
	$data=explode("\t",fgets($file)); // 以tab为间隔标识将字符串打散
	
	// 设置参数
	$RefSeq=$data[0];
	$baseMean=$data[1];
	$log2FoldChange=$data[2];
	$lfcSE=$data[3];
	$stat=$data[4];
	$pvalue=$data[5];
	$padj=$data[6];
	// 执行
	$stmt->execute();
}

最后执行php脚本，完成数据的批量导入

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$ php -f lincRNA_DiffExp_data_batch_import.php <data-to-import>

检索表达谱数据库

过程类似于 part1 检索数据库

表单部分，提供以下检索筛选条件

  • log2FoldChange 一般认为其绝对值大于1，差异显著
  • p-value 一般认为其值小于等于0.05，差异显著
  • q-value 一般认为其值小于等于0.05，差异显著
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<form action="#" method="post">
<table style="text-align:center; border:0;">
<tr>
	<td>|log2FoldChange| >=</td>
	<td><input type="text" name="log2FoldChange" value="1"></td>
</tr>
<tr>
	<td>p-value <=</td>
	<td><input type="text" name="p_value" value="0.05"></td>
</tr>
<tr>
	<td>q-value <=</td>
	<td><input type="text" name="q_value"></td>
</tr>
<tr>
	<td align="center"><input type="submit" name="submit" value="Submit"></td>
	<td align="center"><input type="reset" value="Reset"></td>
</tr>
<!-- 错误提示信息 -->
<tr>
	<td style="color:red; font-size:10px;">
<?php
$err=isset($_GET["err"])?$_GET["err"]:"";
switch($err) {
case 1:
	echo "表单填写错误：至少要填写一项！";
	break;
case 2:
	echo "表单填写错误：填写信息必须是数字！";
	break;
case 3:
	echo "未登陆，无权访问！";
	echo "快去<a href='login.php'>登录</a>吧！";
	break;
case 4:
	echo "Update或Delete操作异常！未在数据库中找到对应记录！";
	break;
}
?>	
	</td>
</tr>
</table>
</form>

php脚本部分

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<?php
//开启session
session_start();
// 获取用户名和密码
$username=isset($_SESSION['user'])?$_SESSION['user']:"";
$password=isset($_SESSION['password'])?$_SESSION['password']:"";

// 获取表单提交数据
$log2FoldChange=isset($_POST['log2FoldChange'])?$_POST['log2FoldChange']:"";
$p_value=isset($_POST['p_value'])?$_POST['p_value']:"";
$q_value=isset($_POST['q_value'])?$_POST['q_value']:"";
$submit=isset($_POST['submit'])?$_POST['submit']:"";

if($submit){
	// 判断提交的检索信息是否满足要求：三个提交的变量,至少一个不为空，且若不为空则必须是数值
	if(empty($log2FoldChange)&&empty($p_value)&&empty($q_value)){
		header("Location:databaseQuery_DiffExp.php?err=1");	
	}elseif((empty($log2FoldChange)||is_numeric($log2FoldChange))&&(empty($p_value)||is_numeric($p_value))&&(empty($q_value)||is_numeric($q_value))){
		// 连接数据库
		$conn=new mysqli('localhost',$username,$password,'testdb');
		if($conn->connect_error){
			header("Location:databaseQuery_DiffExp.php?err=3");
		}
		// 创建SQL查询语句
		$sql="SELECT * from DiffExp_result where";
		// 根据实际表单填写情况追加查询条件
		$bool_and=false;
		if(!empty($log2FoldChange)){
			$sql .= " log2FoldChange >= $log2FoldChange or log2FoldChange <= -$log2FoldChange";
			$bool_and=true;
		}
		if(!empty($p_value)){
			if($bool_and){
				$sql .= " and";
			}
			$sql .= " pvalue <= $p_value";
			$bool_and=true;
		}
		if(!empty($q_value)){
			if($bool_and){
				$sql .= " and";
			}
			$sql .= " padj <= $q_value";
		}
		$sql .= ";";
		
		// 执行查询语句
		$result=$conn->query($sql);
		if($result->num_rows > 0){
			// 输出查询结果
			echo "<table><tr><th>RefSeq</th><th>baseMean</th><th>log2FoldChange</th><th>lfcSE</th><th>stat</th><th>pvalue</th><th>padj</th><th>操作</th></tr>";
			
			while($row = $result->fetch_array()){
        			echo "<tr><td>".$row['RefSeq']."</td><td>".$row['baseMean']."</td><td>".$row['log2FoldChange']."</td><td>".$row['lfcSE']."</td><td>".$row['stat']."</td><td>".$row['pvalue']."</td><td>".$row['padj']."</td><td><a href=\"update_form.php?id=".$row['id']."&dbname=DiffExp_result\" style=\"padding:2px;\">Update</a><a href=\"barplox.php?RefSeq=".$row['RefSeq']."\" style=\"padding:2px;\">Barplox</a></td></tr>\n";
    		}
		}else{
    			echo "未检索到满足条件的记录!";
		}
	
	}else{
		header("Location:databaseQuery_DiffExp.php?err=2");
	}
}
?>

画图：单个基因表达谱

实现思路：

  • 用户在检索页面的记录栏的最后一项点击Barplot以后，向绘图脚本(barplot.php)传递对应记录的RefSeq

  • 绘图脚本(barplot.php)根据传递过来的RefSeq，调用绘图用的底层R脚本(barplot.R)，调用的同时传递参数——RefSeq值

    barplot.R实现的功能：读取表达谱文件（跑RNA-seq分析流程：stringtie定量 产生的gene_count_matrix.csv文件），根据传递过来的RefSeq值匹配出对应的基因的表达谱，然后用ggplot把图画出来，并将图保存为图像文件

  • 绘图脚本(barplot.php)将图片用<img>标签呈现给用户
  • 绘图脚本(barplot.php)
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<?php
//开启session
session_start();
// 获取用户名和密码
$username=isset($_SESSION['user'])?$_SESSION['user']:"";
$password=isset($_SESSION['password'])?$_SESSION['password']:"";

// 用GET方法获取提交的数据
$RefSeq=isset($_GET['RefSeq'])?$_GET['RefSeq']:"";

// 登录数据库，检查用户是否有操作权限
$conn=new mysqli('localhost',$username,$password,'testdb');
if($conn->connect_error){
	header("Location:databaseQuery_DiffExp.php?err=3");
}else{
	system('Rscript barplot.R '.$RefSeq);
	// 检查文件是否存在
	if(file_exists('barplot.jpg')){
		echo "<p align=\"center\"><img src=./barplot.jpg width=600 ></p>";
	}else{
		echo "<p style=\"color:red; text-align:center; font-size:50px;\">绘图失败！</p>";
	}
}
?>
  • 底层R脚本(barplot.R)

注意：

该脚本底层依赖ggplot2包，若未安装请提前安装好，推荐以下两种安装方法：

  • 直接在R的交互环境下，使用install.packages("ggplot2")
  • 使用conda进行安装
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library(ggplot2)
# 获取传入参数
args<-commandArgs(T)
# 载入全表达谱
profile <- read.csv("gene_count_matrix.csv")
profile_matrix <- as.matrix(profile[,-1])
rownames(profile_matrix)<-profile$gene_id
# 获取目标基因的表达谱
geneExp <- data.frame(Sample=colnames(profile_matrix),Expression=profile_matrix[args[1],])
#画图并导出
jpeg("barplot.jpg")
ggplot(geneExp)+geom_bar(aes(x=sample,y=expression),stat="identity")+theme(axis.text.x = element_text(angle = 60, hjust = 0.5, vjust = 0.5))
dev.off()

添加批量提交数据功能

基本的实现思路为：

提供文件提交的输入框，同时让用户指定向哪个数据库（实际上是不同的表格）提交数据。将用户提交的文件保存为服务器某个目录下的临时文件，然后用

将临时文件的数据追加导入相应的表格中

预备知识：

  • 文件上传，请点 这里

要实现文件上传，首先要在php脚本所在的文件夹下创建一个权限全开的upload文件夹

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$ mkdir upload
$ chmod 777 upload

接着开始编辑php脚本，保存为batch_submit_data.php

表单部分

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<form action="batch_submit_data.php" method="post" enctype="multipart/form-data">
<table>
<tr>
	<td>选择提交数据库：</td>
	<td>
		<select name="dbname">
			<option value="">选择数据库:</option>
			<option value="ano">基因结构注释</option>
			<option value="diffexp">基因表达谱</option>
		</select>
	</td>
</tr>
<tr>
	<td>选择物种（基因结构注释）：</td>
	<td>
		<select name="specie">
			<option value="">选择一个物种:</option>
			<option value="human">Homo Sapiens</option>
			<option value="mouse">Mus musculus</option>
		</select>
	</td>
</tr>
<tr>
	<td>选择上传数据文件：</td>
	<td>
    	<label for="file">文件名：</label>
    	<input type="file" name="file" id="file"><br>
    </td>
</tr>
<tr>
	<td align="center"><input type="submit" name="submit" value="提交"></td>
	<td align="center"><input type="reset" value="Reset"></td>
</tr>
<!-- 报错信息 -->
<tr>
	<td style="color:red; font-size:10px;">
<?php
$err=isset($_GET["err"])?$_GET["err"]:"";
switch($err) {
case 1:
	echo "表单填写错误：必须选择一个数据库！";
	break;
case 2:
	echo "上传文件格式不符合要求！请参照<a href=\"formatGuid.html\">格式要求</a>进行修改！";
	break;
case 3:
	echo "未登陆，无权访问！";
	echo "快去<a href='login.php'>登录</a>吧！";
	break;
}
?>
</form>

php脚本

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<?php
//开启session
session_start();
// 获取用户名和密码
$username=isset($_SESSION['user'])?$_SESSION['user']:"";
$password=isset($_SESSION['password'])?$_SESSION['password']:"";

// 创建Ano_check函数，进行上传文本的文件格式检查
function Ano_check($fname)
{
	$file=fopen("upload/$fname","r") or exit("Unable to open file!");
	$bool_mark=1;
	while(!feof($file)){
		$data=explode("\t",fgets($file));
		// 检查第一列，是否为1-22或XY
		if(!preg_match("\d{1,2}|[XY]",$data[0])){
			$bool_mark=0;
			break;
		}
		// 检查第二三列，是否都是英文字母
		if(!preg_match("[a-zA-Z]",$data[1])||!preg_match("[a-zA-Z]",$data[2])){
			$bool_mark=0;
			break;
		}
		// 检查第四五列，即start和end，是否是数字
		if(!is_numeric($data[3])||!is_numeric($data[4])){
			$bool_mark=0;
			break;
		}
		// 检查第六八列，即GeneId和TranscriptId,是否以ENSG或ENSG打头
		if(!preg_match("^ENSG",$data[5])||!preg_match("^(ENST)|-",$data[5])){
			$bool_mark=0;
			break;
		}
	}
	return $bool_mark;
}

// 创建DiffExp_check函数，进行上传文本的文件格式检查
function DiffExp_check($fname)
{
	$file=fopen("upload/$fname","r") or exit("Unable to open file!");
	$bool_mark=1;
	while(!feof($file)){
		$data=explode("\t",fgets($file));
		// 检查第一列，RefSeq，是否以大写字母打头
		if(!preg_match("^[A-Z]{2,}",$data[0])){
			$bool_mark=0;
			break;
		}
		// 检查其他列，是否都是数字
		if(!is_numeric($data[1])||!is_numeric($data[2])||!is_numeric($data[3])||!is_numeric($data[4])||!is_numeric($data[5])||!is_numeric($data[6])){
			$bool_mark=0;
			break;
		}
	}
	return $bool_mark;
}


// 获取表单提交数据
$dbname=isset($_POST['dbname'])?$_POST['dbname']:"";
$specie=isset($_POST['specie'])?$_POST['specie']:"";
$submit=isset($_POST['submit'])?$_POST['submit']:"";

if($submit){
	// 检查文件上传是否成功
	if ($_FILES["file"]["error"] > 0)
	{
    	echo "错误：" . $_FILES["file"]["error"] . "<br>";
	}
	
	// 进行文件格式检查
	if(empty($dbname)){
		header("Location:batch_submit_data.php?err=1");
	}
	elseif($dbname=="ano"){
		$check_stat=Ano_check($_FILE['file']['name']);
	}else{
		$check_stat=DiffExp_check($_FILE['file']['name']);
	}
	
	// 判断文件格式是否符合要求
	if(!$check_stat){
		header("Location:batch_submit_data.php?err=2");
	// 判断用户名和密码是否已经设置
	}elseif(!empty($username)&&!empty($password)){
		// 连接数据库
		$conn=new mysqli('localhost',$username,$password,'testdb');
		if($conn->connect_error){
			header("batch_submit_data.php?err=3");
		}
		
		// 设置数据库表格名，并执行批量操作
		if($dbname=="ano"){
			if($specie=="human"){
				$table="lincRNA_h";
			}else{
				$table="lincRNA_m";
			}
			system("php -f lincRNA_Ano_data_batch_import.php ".$table." upload/".$_FILE['file']['name']." &");
		}else{
			system("php -f lincRNA_DiffExp_data_batch_import.php upload/".$_FILE['file']['name']." &");
		}
		
		// 调用之前的php脚本进行批量提交操作		
	}else{
		header("Location:batch_submit_data.php?err=3");
	}
}
?>

添加Update功能

实现思路：

  • 用户在检索页面的记录栏的最后一项点击update以后，跳转到update表单填写页面(update_form.php脚本)，同时向该php脚本传递对应记录的id
  • update表单填写页面(update_form.php脚本)根据传递过来的id，把对应记录的信息以表单形式呈现，同时表单的每个输入框可以收集用户的修改信息
  • 用户修改后点击”submit”，执行update操作(updata_operate_Ano.php或updata_operate_DiffExp.php脚本)，同时将操作状态告知用户：是不是成功了？
  • 脚本update_form.php
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<?php
//开启session
session_start();
// 获取用户名和密码
$username=isset($_SESSION['user'])?$_SESSION['user']:"";
$password=isset($_SESSION['password'])?$_SESSION['password']:"";

// 获取通过GET方法向该脚本传递的变量
$id=isset($_GET['id'])?$_GET['id']:"";
$dbname=isset($_GET['dbname'])?$_GET['dbname']:"";
$statu=isset($_GET['statu'])?$_GET['statu']:"";

// 检查用户是否登录
if(!empty($username)&&!empty($password)){
	// 连接数据库
	$conn=new mysqli('localhost',$username,$password,'testdb');
	if($conn->connect_error){
		if($dbname=="lincRNA_h"||$dbname=="lincRNA_m"){
			header("Location:databaseQuery_Ano.php?err=3");
		}else{
			header("Location:databaseQuery_DiffExp.php?err=3");
		}
	}
	
	// 根据id或dbname，从数据库中检索出相应的记录
	// 构造SQL查询语句
	$sql="SELECT * from $dbname where id=$id";
	// 执行查询命令
	$result = $conn->query($sql);
	
	// 选择对应的updata操作脚本名
	if($dbname=="lincRNA_h"||$dbname=="lincRNA_m"){
		$phpscript="update_operate_Ano.php";
	}else{
		$phpscript="update_operate_DiffExp.php";
	}
	
	// 将查询结果以表单形式呈现
	if($result->num_rows > 0){
		echo "<form action=\"".$phpscript."?id=".$id."&dbname=".$dbname."\" method=\"post\">\n";
		echo "<table>\n<tr>\n\t<th>Feature</th><th>Value</th>\n</tr>\n";
		$row = $result->fetch_array();
		// 遍历关联数组的每一个元素，并将它们填到表单里
		foreach($row as $key=>$key_value){
			if(is_numeric($key)||$key=="id"){
				continue;
			}
			echo "<tr>\n";
			echo "\t<td>".$key."</td>\n";
			echo "\t<td><input type=\"text\" name=\"".$key."\" value=\"".$key_value."\"></td>\n</tr>";
		}
		// 表单的submit和reset按钮
		echo "<tr>\n\t<td align=\"center\"><input type=\"submit\" name=\"submit\" value=\"Submit\"></td>\n";
		echo "\t<td align=\"center\"><input type=\"reset\" value=\"Reset\"></td>\n</tr>\n";
		// 提示任务执行状态：成功或失败
		echo "<tr>\n\t<td style=\"color:red; font-size:10px;\">";
		switch($statu) {
			case 1:
				echo "该记录已修改成功！";
			case 2:
				echo "该记录修改失败！";
			case 3:
				echo "修改数据类型不符合格式要求，请重新填写！";
			case 4:
				echo "未登陆，没有修改权限！请<a href=\"login.php\">登陆</a>";
		}
		echo "</td>\n</tr>\n";
		echo "</table>\n</form>\n";
	}else{
		if($dbname=="lincRNA_h"||$dbname=="lincRNA_m"){
			header("Location:databaseQuery_Ano.php?err=4");
		}else{
			header("Location:databaseQuery_DiffExp.php?err=4");
		}
	}
}else{
	if($dbname=="lincRNA_h"||$dbname=="lincRNA_m"){
		header("Location:databaseQuery_Ano.php?err=3");
	}else{
		header("Location:databaseQuery_DiffExp.php?err=3");
	}
}
?>
  • 脚本update_operate_Ano.php
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<?php
//开启session
session_start();
// 获取用户名和密码
$username=isset($_SESSION['user'])?$_SESSION['user']:"";
$password=isset($_SESSION['password'])?$_SESSION['password']:"";

// 获取通过GET方法向该脚本传递的变量
$id=isset($_GET['id'])?$_GET['id']:"";
$dbname=isset($_GET['dbname'])?$_GET['dbname']:"";
// 获取通过POST方法向该脚本传递的变量
$chrom=isset($_POST['chrom'])?$_POST['chrom']:"";
$biotype=isset($_POST['biotype'])?$_POST['biotype']:"";
$feature=isset($_POST['feature'])?$_POST['feature']:"";
$start=isset($_POST['start'])?$_POST['start']:"";
$end=isset($_POST['end'])?$_POST['end']:"";
$geneid=isset($_POST['geneid'])?$_POST['geneid']:"";
$genename=isset($_POST['genename'])?$_POST['genename']:"";
$transcriptid=isset($_POST['transcriptid'])?$_POST['transcriptid']:"";
$exon=isset($_POST['exon'])?$_POST['exon']:"";

// 进行提交数据的格式检查
$bool_mark=1;
// 检查chrom，是否为1-22或XY
if(!preg_match("\d{1,2}|[XY]",$chrom)){
	$bool_mark=0;
}
// 检查biotype和feature，是否都是英文字母
if(!preg_match("[a-zA-Z]",$biotype)||!preg_match("[a-zA-Z]",$feature)){
	$bool_mark=0;
}
// 检查start、end和exon，是否是数字
if(!is_numeric($start)||!is_numeric($end)||!is_numeric($exon)){
	$bool_mark=0;
}
// 检查GeneId和TranscriptId,是否以ENSG或ENSG打头
if(!preg_match("^ENSG",$geneid)||!preg_match("^(ENST)|-",$transcriptid)){
	$bool_mark=0;
}

// 若用户提交的修改申请不符合格式要求，则返回update表单填写页面，并提示错误信息
if(!$bool_mark){
	header("Location:update_form.php?statu=3");
}else{
	// 判断用户名和密码是否已经设置
	if(!empty($username)&&!empty($password)){
		// 连接数据库
		$conn=new mysqli('localhost',$username,$password,'testdb');
		if($conn->connect_error){
			header("Location:update_form.php?statu=4");
		}
		
		// 创建SQL的UPDATE语句
		$sql="UPDATE $dbname SET chrom='$chrom',biotype='$biotype',feature='$feature',start=$start,end=$end,geneid='$geneid',genename='$genename',transcriptid='$transcriptid',exon=$exon where id=$id;";
		
		// 执行SQL语句
		if($conn->query($sql)===TRUE){
			header("Location:update_form.php?statu=1");
		}else{
			header("Location:update_form.php?statu=2");
		}
	}else{
		header("Location:update_form.php?statu=3");
	}
}
?>
  • 脚本updata_operate_DiffExp.php
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<?php
//开启session
session_start();
// 获取用户名和密码
$username=isset($_SESSION['user'])?$_SESSION['user']:"";
$password=isset($_SESSION['password'])?$_SESSION['password']:"";

// 获取通过GET方法向该脚本传递的变量

番外篇：前端优化——html+css

登录界面优化

实现效果：

山寨主流网站的登录界面，即将页面分为左右两半，左侧放置图片，右侧放置登录信息输入框

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<head>
<title>登录</title>
<style>
/* 设置背景色：碧绿色 */
body{
	background-color:#7FFFAA;
	margin:50px;
}
form {
	background-color:white;
	width:100%;
	margin:auto;
	padding:70px 0;
}
</style>
</head>
<body>
<div>
	<div style="float:left; width:50%; height:100%;">
		<img src=./picture/lncRNAdb-logo.jpg width=100% />
	</div>
	<div style="float:right; width:50%; height:100%;">
	.
	.
	.
	</div>
</div>
</body>

导航条菜单的制作

实现效果：

将页面分为左右部分，左侧放置垂直导航栏，右侧放置主面板

使用外部css制定页面渲染风格，css文件保存为private.css

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/* 导航栏样式 */
/* 页面左侧主导航栏（垂直导航栏），占据页面左侧10%的空间，且位置固定 */
.nav_vertical {
	margin:0;
	padding:0;
	width:10%;
	list-style-type:none;
	background-color: #f1f1f1;
	position: fixed;
	height: 100%;
}
.nav_vertical li a{
	display:block;
	padding: 8px 16px;
	text-decoration:none;
	color: #000;	/*  字体颜色：灰色 */
}
.nav_vertical li a:hover{	/* 鼠标悬停时链接块颜色：橙色 */
	background-color:#F60;
	color:#fff
}
.nav_vertical li a.active{	
	background-color: #4CAF50;	/*  激活的链接块颜色：绿色 */
	color:#fff;
}
/* 页面右侧子导航栏（水平导航栏），用于在进行数据库检索时，在不同数据库间切换 */
.nav_horizontal {
	margin-left:10px;
	padding:0;
	list-style-type:none;
}
.nav_horizontal li {
	display:inline;
}
.nav_horizontal li a{
	padding: 8px 16px;
	text-decoration:none;
	background-color: #f1f1f1;
	color: #000;	/*  字体颜色：灰色 */
}
.nav_horizontal li a:hover{	/* 鼠标悬停时链接块颜色：橙色 */
	background-color:#F60;
	color:#fff
}
.nav_horizontal li a.active{	
	background-color: #4CAF50;	/*  激活的链接块颜色：绿色 */
	color:#fff;
}

/* 链接样式 */
a:link {color:#0000FF;text-decoration:none;} /* 蓝色 */
a:visited {color:#778899;text-decoration:none;} /* 灰色 */
a:hover {color:#000000;text-decoration:none;} /* 黑色 */
a:active {color:#FF704D;text-decoration:none;}

/* 表格样式 */
/* 检索表单部分表格样式 */
.result {border-collapse:collapse;}
table,th,td {border:1px solid black;}
th {width:100%;height:50px;}

则在每个php脚本前加入以下代码：

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<head>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="private.css">
</head>
<body>
<ul class="nav_vertical">
  	<li><a class="active" href="loginsucc.php">主页</a></li>
  	<li><a href="databaseQuery_Ano.php">检索</a></li>
  	<li><a href="batch_submit_data.php">提交数据</a></li>
	<li><a href="#">BLAST</a></li>
	<li><a href="help.html">帮助</a></li>
	<li><a href="logout.php">退出</a></li>
</ul>
<div style="margin-left:10%; padding:10px; height:100%;">
<!-- 若为检索部分，请添加以下部分代码 -->
<!-- <ul class="nav_horizontal">
  	<li><a class="active" href="databaseQuery_Ano.php">基因结构注释</a></li>
  	<li><a href="databaseQuery_DiffExp.php">基因表达谱</a></li>
</ul> -->
.
.
.
</div>
</body>

参考资料：

(1) PHP+MySQLi实现注册和登陆

(2) Pertea M, Kim D, Pertea G M, et al. Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown[J]. Nature Protocols, 2016, 11(9):1650.

(3) Analysis pipeline for RNA-seq

(4) W3School：SQL 数据类型